El Liceo de Loja fue creado el 1 de octubre de 1992, bajo la dirección de Gladys y Angélica Arrobo Rodas. Inició con estudiantes desde Jardín de Infantes (5 años) hasta 4º grado de Primaria (9 años). 

Fue creciendo con los años hasta convertirse en una Unidad Educativa de Bachillerato General Unificado.

El Liceo de Loja se asienta en la finca Armenia, en Zamora Huayco, propiedad de los esposos Carlos Arrobo Carrión y Luz Angélica Rodas Jaramillo.Las bases de esta innovación educativa en la ciudad, las puso Gladys Arrobo Rodas, una maestra de vocación, que inició su labor desde muy joven y se constituyó en precursora de las nuevas tendencias pedagógicas al sur del país.

La Educación Integral fue la oferta desde el inicio, dio tanta importancia al conocimiento teórico, científico y técnico, como a la vivencia de valores trascendentes. 

En el 2010, se designan nuevas autoridades en el Liceo de Loja. En el 2011, se incorpora como Director General y Académico, Rodrigo Arrobo Rodas. 

Durante este período se dio énfasis al desarrollo del pensamiento lógico-matemático y al conocimiento científico.

A finales de 2020, se constituyó y consolidó el equipo directivo que, actualmente, es responsable de la marcha de la Institución.

La Fundación Educacional que cobija al Liceo de Loja lleva el nombre de JUAN RAFAEL ARROBO CEVALLOS, un maestro de vocación que nació en Sozoranga, Provincia de Loja, en 1872.

Estudió la escuela primaria en Sozoranga. Recibió beca de estudios para prepararse como maestro, en Loja. Se casó con Micaela Carrión Sotomayor y procrearon 9 hijos. Aceptó ser preceptor de la Escuela Municipal de Niños, en Macará. Creó Escuela Nocturna para no excluir a niños que no podían asistir durante el día.

Combinaba su labor educativa con el amor por la música.

Para completar el sustento de su familia trabajó como sastre. Asumió varios cargos públicos. Su vida fue recta y austera. Falleció el 8 de septiembre de 1938.